Odjel za regionalne inicijative prati i koordinira političke poslove i odnose s regionalnim inicijativama; zadužen je za Srednjoeuropsku inicijativu (SEI), Jadransko-jonsku inicijativu (JJI), Inicijativu za suradnju u Jugoistočnoj Europi (SECI), Proces suradnje u Jugoistočnoj Europi (SEECP), Kvadrilateralu, Proces suradnje u Podunavlju, Međunarodnu komisiju za zaštitu rijeke Dunav, Savsku komisiju, Radnu zajednicu Alpe-Jadran, Radnu zajednicu Podunavskih regija uz aktivnost hrvatskih županija, sastanke predsjednika srednjoeuropskih država, ostale neinstitucionalne oblike regionalne suradnje, regionalne konferencije, suradnju u okviru Euroregija, transgraničnu suradnju, sudjelovanje jedinica lokalne i područne (regionalne) samouprave u međunarodnoj suradnji, Crnomorsku organizaciju za gospodarsku suradnju; koordinira rad predstavnika resora u pojedinim tijelima regionalnih inicijativa, te obavlja i druge poslove iz svog djelokruga; prati rad Vijeća za regionalnu suradnju (RCC) te ostale inicijative i aktivnosti unutar RCC-a, te preostale aktivnosti unutar Pakta o stabilnosti u Jugoistočnoj Europi (PS JIE), kao i aktivnosti na bilateralnoj razini; koordinira aktivnosti i djelovanje Ministarstva i drugih tijela državne uprave, neprofitnih udruga, drugih institucija i pojedinaca; koordinira djelovanje resornih ministarstava za pripremu sastanaka i drugih aktivnosti u okviru PS-a i s EU, kako bi se osiguralo aktivno i konstruktivno sudjelovanje RH, kao i ostvario lakši pristup postojećim financijskim institucijama i kreditnim mogućnostima, te obavlja i druge poslove iz svog djelokruga rada.