Godine 1996. izdaju treći album Eternity koji polako označava novi zvuk Anatheme bazirajući se na clean vokalima, a mogli bi reći da je transformacija završena albumom Judgement koji izlazi 1999. Album karakterizira izrazito teška glazba, progresivni zvuk, depresivna atmosfera i lyricsi, obilježavajući potpuni odmak od žanra doom metala, fokusirajući se umjesto toga na sporije i eksperimentalne pjesme.