U okviru Službe za provozni postupak i granične procedure obavljaju se poslovi sustavnog praćenja provedbe carinskih propisa u dijelu koji uređuje kretanje roba, odnosno postupak provoza i graničnih procedura, sustavnog praćenja provedbe sigurnosnih mjera i drugih propisa kojima je uređeno prekogranično kretanje roba i putnika i njihova utjecaja na nesmetano odvijanje carinskih procedura i međunarodnog robnog i putničkog prometa u cestovnom, željezničkom, zračnom, pomorskom i riječnom prometu, te utjecaja na slobodno kretanje roba i putnika; sudjelovanja u pripremi stručnih podloga za donošenje propisa carinskog sustava u dijelu kojim se uređuju postupci provoza te stručnih podloga kojima se propisuju carinske procedure u vezi sa prekograničnim kretanjem i prijevozom robe; sudjelovanja u pripremi stručnih podloga i mišljenja u svezi s donošenjem propisa izvan carinskog sustava, kojima se regulira kretanje robe preko graničnih prijelaza (propisi i ugovori o međunarodnom prijevozu roba i putnika, propisi iz područja sigurnosti u prometu i prijevozu, te drugi specifični propisi vezani za zračni promet, promet plovnim putovima, željeznički promet i dr.), a imaju posljedice na carinske procedure ili provozni postupak, pripremanja stručnih podloga i prijedloga u vezi efikasnog funkcioniranja organizacijskih jedinica neophodnih za nesmetano funkcioniranje NCTS sustava (NCTS Help desk, EU Transit network, Centralni odjel za provozni postupak), te sustavnog praćenja njihovoga rada kroz usklađivanje i prilagodbu s odgovarajućim sustavima u »zajedničkom provoznom postupku« i »provoznom postupku Zajednice«, koordinacije i stručne pomoći u provedbi graničnih procedura; sustavnog praćenja provedbe carinskih propisa u segmentu primjene sigurnosnih i zaštitnih mjera u području provoza i općenito prekograničnog kretanja robe; izdavanja usmjeravajućih akata i mišljenja te određivanja potrebnih mjera u izvanrednim situacijama; osposobljavanja carinskih službenika i drugih sudionika u provedbi provoznih postupaka i graničnih procedura.