Odjel za NATO obavlja upravne i stručne poslove vezane za: predlaganje, koordiniranje, usmjeravanje i nadzor obrambene politike povezane s članstvom Republike Hrvatske u NATO-u koja se provodi u ustrojstvenim jedinicama Ministarstva i Oružanih snaga; praćenje i raščlambu procesa, odnosa, trendova i aktivnosti u NATO-u; predlaganje pozicija i politika, upravljanje, koordinaciju i nadzor planiranja i provedbe aktivnosti te pripremu sudjelovanja na sastancima i u aktivnostima vezanima uz NATO; pripremu odluka vezanih uz članstvo u NATO-u; predlaganje nadležnih dijelova dokumenata obrambene politike; sudjelovanje u predlaganju politike i praćenju doprinosa operacijama i misijama NATO-a; stručno usmjeravanje i nadzor rada predstavnika Ministarstva u Stalnom predstavništvu Republike Hrvatske pri Organizaciji Sjevernoatlantskog ugovora; sudjelovanje u predlaganju politike sudjelovanja u NATO obrambenim strukturama i pripremi predstavnika Ministarstva za rad u nacionalnim predstavništvima te stožerima i drugim institucijama NATO-a; koordinaciju s ministarstvom nadležnim za vanjske i europske poslove po pitanju angažmana Oružanih snaga u međunarodnim mirovnim operacijama iz svojeg područja nadležnosti; praćenje, koordinaciju i predlaganje načina sudjelovanja u snagama brzog odgovora NATO-a, u programima suradnje i multinacionalnim inicijativama NATO-a te u odborima i radnim skupinama NATO-a; sudjelovanje u međuresornoj suradnji povezanoj s NATO-om.