Rezultati CROWET projekta koriste se također u važnom programu zaštite prirode - uspostavi Nacionalne ekološke mreže i EU ekološke mreže NATURA 2000. Brojna važna i ugrožena močvarna područja iz CROWET baze podataka unešena su u CRO-NEN bazu podataka o područjima Nacionalne ekološke mreže.