»Sektor za teritorijalnu suradnju obavlja poslove vezane uz izradu godišnjih i višegodišnjih strateških i operativnih programa financiranih iz proračuna Republike Hrvatske i/ili drugih izvora financiranja u kontekstu teritorijalne suradnje; prati i kontrolira provedbu programa i projekata teritorijalne suradnje; obavlja poslove vezane uz izvještavanje, informiranje i edukaciju vezano uz programe teritorijalne suradnje te uz koordinaciju tehničke pomoći, vezano uz podršku u izradi i provedbi programa teritorijalne suradnje i predlaganje mjera radi unaprjeđenja učinkovitosti korištenja sredstava; kao dio Operativne strukture zadužene za upravljanje IPA II B komponentom, pruža podršku čelniku Operativne strukture vezano uz uspostavu i održavanje akreditirane institucionalne strukture i sustava u okviru IPA II B komponente; osigurava integraciju aktivnosti teritorijalne suradnje u hrvatsku razvojnu politiku te dostupnost strukturnih fondova; koordinira rad službi i njihove horizontalne funkcije; podržava čelnika Operativne strukture u programiranju, reprogramiranju, koordinaciji i nadziranju operativnih programa teritorijalne suradnje; vodi pregovore s Europskom komisijom i državama sudionicama u programima; obavlja koordinaciju hrvatskih regionalnih i lokalnih sudionika na području teritorijalne suradnje te koordinaciju Nacionalnog odbora za teritorijalnu suradnju; prati aktivnosti europskih grupacija za teritorijalnu suradnju te obavlja i druge poslove iz svoje nadležnosti.«.