Osim nepoželjnog odjeka na rast kostiju, amenoreji pridružena hipoestrogenemija se neposredno upliće u metabolizam kostiju ili, preciznije, mineralnu gustoću. 45,46,55 Koštano tkivo je metabolički vrlo aktivno simultanim odvijanjem dva glavna procesa, enhondralne osifikacije sa stvaranjem nove kosti (osteoblasti) i remodeliranjem ranije stvorene kosti (osteoklasti). 56 Tijekom adolescencije ravnoteža je pomaknuta povećanoj sintezi, posebno u pubertetu, kada mineralizacija više ovisi o stadijima spolne zrelosti nego kronološkoj dobi. 56 Zamahom rasta u visinu (11 - 14 godina) stvori se između 40 - 60 % ukupne, odnosno definitivne koštane mase odrasle osobe. 45,56,57 Proces mineralizacije nastavlja se i nakon završetka longitudinalnog rasta kostiju sve do sredine trećeg desetljeća, a zatim se postupno smanjuje, ubrzavajući se nakon menopauze. 56,57 Koštani miraz osobe definiran je naslijeđem, rasom, ali i mišićnom snagom, fizičkom aktivnošću, unosom kalcija i proteina, a posebno cirkulirajućim estrogenima. 55 - 57 U pacijentica s AN smanjena mineralna gustoća kostiju (osteopenija) s rizikom atraumatskih spontanih fraktura (osteoporoza) rezultat je kako povećane resorpcije zbog manjka estrogena i hiperkortikolizma, tako i smanjenog stvaranja zbog prehrambenih deficita pridruženih pothranjenosti. 45,47 Širom dostupnošću jednostavnijih i jeftinijih denzitometrijskih metoda istraživanja mineralne gustoće danas uključuju veći broj bioloških homogenijih pacijentica s AN. 45,55 Upotrebom DEXA (engl. dual-energy x-ray absorptiometry) osteopenija je utvrđena u više od 50 % pacijentica s AN, poglavito u trabekularnom odjeljku kostiju. 55,58,59 Smanjena mineralna gustoća kostiju uzročno je povezana s trajanjem izgladnjivanja dužim od 12 mjeseci, ITM manjim od 15 kg/m2, nedovoljnom fizičkom aktivnošću i nedostatnim unosom kalcija. 60 Praktična je poruka ovih zapažanja da kod svake AN u adolescenciji treba odrediti biljege remodeliranja kostiju, kao i denzitometrijsku ocjenu gustoće, posebno u primarnoj amenoreji i kod trajanja dužeg od šest mjeseci. 55 - 57 Dok se ne riješi pitanje adekvatne prevencije i liječenja osteopenije, glavni je cilj učinkovita realimentacija, uz brižan nadzor unosa D vitamina i kalcija.