U drugom stupnju Služba donosi rješenja povodom žalbi na rješenja lučkih kapetanija glede upisa pomorskih objekata, na rješenja inspektora sigurnosti plovidbe, na odluke o davanju koncesija na pomorskom dobru, na koncesijska odobrenja za obavljanje gospodarske djelatnosti na pomorskom dobru, na rješenja županijskih ureda za poslove pomorstva o naknadi koju plaćaju vlasnici brodica za korištenje pomorskog dobra, na rješenja povjerenstva o granicama pomorskog dobra, kao i druga upravna rješenja koje donosi na temelju Pomorskog zakona, Zakona o pomorskom dobru i morskim lukama, Zakona o prijevozu u linijskom i povremenom obalnom pomorskom prometu, te Zakona o sigurnosnoj zaštiti pomorskih brodova i luka.