U okviru Odjela za granične procedure obavljaju se poslovi sustavnog i kontinuiranog praćenja carinskih propisa kojima je uređeno prekogranično kretanje roba te sudjelovanja u pripremi stručnih podloga i mišljenja za donošenje carinskih propisa kojima je uređeno prekogranično kretanje roba; poslovi sustavnog praćenja propisa izvan carinskog sustava kojima se uređuje kretanje roba i putnika preko graničnih prijelaza, a imaju utjecaja na carinske procedure, njihovo odvijanje, kretanje i prijevoz roba preko graničnih prijelaza i općenito na slobodno i nesmetano kretanje roba i putnika u međunarodnom prometu; poslovi praćenja prekograničnog prometa, protočnosti graničnih prijelaza, standarda protočnosti i upravljanja prijelazima; suradnje s drugim službama na graničnim prijelazima i integriranog upravljanja granicom; sustavnog praćenja provedbe carinskih propisa u segmentu primjene sigurnosnih i zaštitnih mjera u području provoza i općenito prekograničnog kretanja robe; poslovi pripreme akata vezanih za prekograničnu i međunarodnu suradnju te pripreme i koordinacije aktivnosti i mjera pri specifičnim kretanjima roba i putnika u izvanrednim okolnostima.