Odjel za metodologiju i procedure obavlja poslove koji se odnose na uspostavu sustava upravljanja, financiranja i kontrole provedbe programa Europske unije, uključujući pripremu zakonodavnog okvira i njegove izmjene i dopune, kao i pripremu opisa sustava upravljanja i kontrole korištenja strukturnih instrumenata Europske unije; obavlja poslove koordinacije pripreme jedinstvenih pravilnika postupanja za sva tijela u Sustavu te samostalno priprema pravilnike o postupanju tijela u Sustavu koji se odnose na uspostavu i unaprjeđenje Sustava, uvjete za pripremu i provedbu projekata, prognoziranje i praćenje plaćanja te revizije; sudjeluje u pripremi pravila vezanih uz uspostavu sustava i izvješćivanje o slabostima sustava; koordinira izradu priručnika za tijela u Sustavu u procesu pripreme zahtjeva za usklađenost sustava s regulativom Europske unije; kontinuirano radi na standardizaciji i unaprjeđenju procedura i kontrole provedbe operativnih programa za tijela u Sustavu; utvrđuje procedure za prihvatljivost i točnost izdataka nastalih i prijavljenih tijekom provedbe operativnih programa; utvrđuje delegirane zadatke posredničkim tijelima i zahtjeve koje ista tijela moraju ispuniti za obavljanje delegiranih zadataka; utvrđuje kriterije za procjenu kapaciteta posredničkih tijela i kapaciteta za upravljanje projektima pri korisničkim institucijama; osigurava podršku i edukaciju tijela u Sustavu u vezi s dodijeljenim im zadaćama; uspostavlja sustav i metodologiju za praćenje projekata koji generiraju prihode te obavlja i druge poslove iz svoje nadležnosti.«.