Nacionalni program analizira pojedina područja zaštite i promicanja ljudskih prava te određuje sljedeća prioritetna područja djelovanja: suzbijanje rasne i druge diskriminacije; ravnopravnost spolova; nacionalne manjine; skrb o Hrvatima izvan domovine; zatočene i nestale osobe u Republici Hrvatskoj; prava aktivnih sudionika i stradalnika Domovinskog rata; pravo na pošteno suđenje; zaštita žrtava/svjedoka; sloboda medija; pravo na pristup informacijama; vjerska prava i slobode; pravo na rad; posebna zaštita obitelji; djeca, mladi; skrb o posebno osjetljivim skupinama građana: osobe s invaliditetom, zaštita prava osoba s duševnim smetnjama i/ili intelektualnim teškoćama, osobe starije životne dobi, ovisnici o opojnim drogama, HIV pozitivne osobe, prava osoba kojima je oduzeta sloboda, prava tražitelja azila, azilanata i osoba pod supsidijarnom zaštitom, spolne i rodne manjine; pravo na zdrav život i okoliš; suzbijanje korupcije; trgovanje ljudima; sigurnost i ljudska prava; razminiranje područja od zaostalih mina iz Domovinskog rata.