Potrebno je razmotriti i druge slučajeve, naprimjer: ako, u GM liniji biljke koja sadrži više od jednog promijenjenog gena, postupak naknadnog razdvajanja uzrokuje razdvajanje tih gena kod potomstva, mogu se dobiti biljke s manje promijenjenih gena ali s novim fenotipovima, ako oslabljeni mutanti, zbog nestabilnosti (zbog konstrukcije određene mutacije) mogu povratiti svojstvo, ako dupliciranje gena dovede to utišavanja gena, ako je broj kopija gena velik, ako ponovna ugradnja pokretnih genetičkih elemenata dovodi do novih fenotipova, zbog inaktivacije promijenjenog gena, ako je razina ekspresije promijenjenog gena važna (na primjer, vrlo niska ekspresija neke toksične tvari), genetska nestabilnost regulatornih elemenata može dovesti do više ekspresije.