Odjel primjene informacijskih sustava i izrade skladišta podataka obavlja upravne i stručne poslove vezane uz uspostavu jedinstvenog informacijskog sustava Ministarstva i Oružanih snaga, odgovara za održavanje informacijskih podsustava Ministarstva koje je Odjel projektiranja i izgradnje informacijskih sustava izradio samostalno ili u suradnji s partnerima, izuzev programskih modula za koje je izvršena primopredaja modula ustrojstvenoj jedinici, vrši izradu skladišta podataka, izrađuje centralizirana skladišta filtriranih, pročišćenih, spojenih i redizajniranih informacija, vrši testiranje izrađenih programskih modula i izrađuje korisničku dokumentaciju istih, obavlja temeljnu izobrazbu predstavnika ustrojstvenih jedinica u korištenju izrađenih programskih modula, vrši praćenje informacijskih sustava u okviru stvarnog sustava te obavlja praćenje i testiranje novih tehnologija iz područja skladištenja podataka i predlaže načelniku Službe usvajanje istih.