Odsjek metodologija i baza podataka obavlja sljedeće stručne poslove: obavlja poslove razvoja i poboljšanja metodologija za potrebe Sektora ekonomskih statistika, preuzima i obrađuje podatke drugih institucija za potrebe svih odjela u Sektoru te kreira i vodi baze podataka na jednom mjestu; analizira kvalitetu podataka godišnjih i tromjesečnih financijskih izvještaja, obavlja redefiniranje postojećih podataka te definiranje novih izvora podataka; dostavlja podatke institucijama unutar Republike Hrvatske i institucijama Europske unije u zadanim rokovima i formatima (tablice u skladu sa zahtjevima iz »Statistical Requirement Compendiuma«).