Druga značajna funkcija Agencije je provođenje postupka sanacije i restrukturiranja banaka pri čemu obavlja slijedeće poslove: 1. izdaje obveznice i ulaže druga sredstva za sanaciju banaka, 2. upravlja dijelom rizičnih plasmana banke u kojima su sadržani potencijalni gubici banke, a koji su joj preneseni na temelju odredaba Zakona o sanaciji i restrukturiranju banaka, 3. prodaje rizične plasmane, 4. daje obavezne upute i naloge banci za naplatu dijela rizičnih plasmana u kojima su sadržani potencijalni gubici banke koji su preneseni na Agenciju i za koje je Agencija odlučila povjeriti banci provođenja mjera za njihovu naplatu, 5. obavlja kontrolu nad radom banke, 6. odobrava kredite bankama nad kojima je proveden postupak sanacije, 7. obavlja tekuće poslove upravljanja bankom u sanaciji, 8. organizira prodaju dionica, odnosno poslovnih udjela, 9. obavlja i ostale poslove koji su joj Zakonom o sanaciji i restrukturiranju banaka stavljeni u nadležnost. " Agencija u skladu sa svojom ulogom u sanaciji banaka ima mogućnost, preko organa banke utjecati na promjene u organizaciji, upravljanju, tekućem poslovanju i poslovnoj strategiji banke.