Problemi implementacije Bolonjskog procesa se nezaustavljivo množe s preopterećivanjem profesora i studenata, snižavanjem kriterija studiranja, iscjepkanosti kolegija, izostankom (u Deklaraciji predviđenog) mentorskog rada, veće mobilnosti nastavnika i studenata, nepotrebnim administrativnim poslovima, nemogućnošću zapošljavanja prvostupnika, segmentiranje studija s nekritičkim otvaranjem veleučilišta...