Zapovjedništvo specijalne policije zapovijeda i rukovodi specijalnim jedinicama policije (Split, Osijek i Rijeka), Antiterorističkom jedinicom Lučko, Zrakoplovnom jedinicom i Ronilačkim centrom prilikom izvršavanja zadaća iz njihova djelokruga rada, i to: borba protiv svih oblika terorizma; rješavanje otmica, talačkih i drugih kriznih situacija; rješavanje situacija otmica zrakoplova i drugih prijevoznih sredstava na kopnu i vodi; uhićenje počinitelja najtežih kaznenih djela; posebno osiguranje visokih državnih dužnosnika; zaštita određenih osoba; helikopterske operacije; zadaće potrage i spašavanja; snajperske operacije; pronalaženje, deaktiviranje i uništavanje formacijskih i improviziranih eksplozivnih naprava na zemlji i pod vodom; ronilačke intervencije; pružanja pomoći drugim organizacijskim jedinicama Ministarstva u obavljanju poslova iz djelokruga rada Specijalne policije; obavlja i druge poslove sukladno Zakonu o policiji; po nalogu glavnog ravnatelja policije rukovodi i koordinira u pojedinim operativnim zadaćama na državnoj razini (rješavanje kriznih situacija, borba protiv terorizma, uhićenja počinitelja najtežih kaznenih djela, pretrage terena i slično); koordinira i zapovijeda u obavljanju zadaća u posebno složenim uvjetima (obavljanje policijskih zadaća u posebnim uvjetima pod vodom, na neprohodnim i nepristupačnim terenima, u uvjetima kada je potrebno koristiti posebna stručna znanja i specijalističku opremu); koordinira i zapovijeda u slučajevima helikopterskih operacija (pretrage terena, akcije spašavanja u slučajevima katastrofa, helikopterske zadaće na području policijskih uprava i slično); ustrojava namjenske snage za izvršavanje zadaća na državnoj razini iz svog djelokruga rada; izrađuje standardne operativne postupke (SOP) za postupanje specijalnih jedinica policije prilikom postupanja i rješavanja kriznih situacija (otmice osoba i prijevoznih sredstava, talačke situacije, teroristički napadi i slično); ustrojava i rukovodi radom pregovaračkih timova Specijalne policije; ustrojava i rukovodi timom policijskih savjetnika za krizne situacije; osposobljava sve djelatnike Specijalne policije za djelovanje i izvršavanje zadaća iz djelokruga rada Specijalne policije na i u vodi (ronjenje, upravljanje plovilima i drugo), u zraku (padobranski skokovi, helikopterske operacije i drugo) te na kopnu (savladavanje teško pristupačnih planinskih predjela, upravljanje specijalnim vozilima i drugo); provjerava razinu osposobljenosti djelatnika Specijalne policije te nadzire i usmjerava njihov rad; prati razvoj i dostignuća i predlaže tehnička sredstva, opremu i naoružanje za potrebe Specijalne policije; surađuje sa specijalnim policijama drugih država; prati i analizira pojavne oblike terorizma u svijetu i izrađuje standardne operativne postupke (SOP) za postupanje u tim situacijama; predlaže mjerila za prijam kandidata u Specijalnu policiju i sudjeluje u postupku njihovog prijma; u Ronilačkom centru Specijalne policije provodi temeljnu i specijalističku obuku te uvježbavanje djelatnika Specijalne policije, izrađuje stručnu specijalističku literaturu za potrebe provođenja obuke pripadnika Specijalne policije, sudjeluje u izradi programa rada, stručnog usavršavanja i obuke Specijalne policije i u utvrđivanju standarda iz pojedinih disciplina te prati stručno usavršavanje svih djelatnika Specijalne policije; provodi operativne pripreme ronioca protueksplozijske zaštite za izvršenje zadaća podvodnog razminiranja; izrađuje operativne elaborate za podvodno razminiranje za područje čitave Republike Hrvatske; predlaže donošenje normativnih akata kojima se regulira djelovanje Specijalne policije; definira strateške ciljeve, izrađuje i prati pokazatelje rezultata rada i uspješnosti, utvrđuje rizike, nadzire postavljene posebne ciljeve u strateškim planovima, izvješćuje o realizaciji postavljenih ciljeva, koordinira izradu strateških planova na nivou Zapovjedništva specijalne policije.