Uprava za unutarnji nadzor obavlja poslove nadzora u ostvarivanju cjelovitih zadaća i funkcija Ministarstva, ukazuje na neusklađenosti i postupke u obavljanju osnovnih funkcija te izvješćuje ministra, predlaže mjere za bolju usklađenost djelovanja uprava, kao i mjere i zadaće za otklanjanje određenih propusta i nedjelotvornosti, kontrolira rad svih službenika i namještenika Ministarstva, poduzima mjere za otkrivanje i suzbijanje kriminalnih radnji službenika i namještenika Ministarstva, provodi istragu prije podnošenja prijedloga za pokretanje postupka zbog teških povreda službene i radne dužnosti službenika i namještenika Ministarstva pred nadležnim tijelima i zastupa Ministarstvo pred službeničkim sudom u takvim slučajevima, nadzire ugovore, koncesije, te druge akte u kojima je država dala prava ili preuzela obveze (jamstva), kontrolira rad unutarnjih ustrojstvenih jedinica, po nalogu ministra financija i pomoćnika ministra koordinira rad s drugim državnim tijelima, kontrolira sve državne i javne prihode iz djelokruga nadzora Ministarstva, postupa po pravu nadzora u pojedinim predmetima i donosi odgovarajuća rješenja te obavlja druge poslove po nalogu čelnika ministra.