Povjerenstvo sudjeluje u izradi i provedbi Državnog programa prometnog povezivanja otoka s kopnom i međusobno i unutarotočnoga prometnog povezivanja, Državnog programa osuvremenjivanja otočnih poljskih, šumskih i protupožarnih putova i zaštite otočnih šuma i poljoprivrednih površina od požara, Državnog programa vodoopskrbe, odvodnje i pročišćavanja otpadnih voda, te građenja i održavanja objekata za zaštitu od štetnog djelovanja voda za otoke, Državnog programa za postupanje s otočnim krutim otpadom, Državnog programa opskrbe otoka energijom u sklopu Nacionalnog energetskog programa CROTOK, Državnog programa otočkih telekomunikacija, Državnog programa razvoja poštanske službe na otocima, Državnog programa zdravstvene zaštite i razvoja telemedicine na otocima, Državnog programa predškolskog odgoja i osnovnog i srednjoškolskog obrazovanja na otocima, Državnog programa visokoškolskog obrazovanja, znanstvenih istraživanja i razvoja tehnologije na otocima, Državnog programa kulturnog razvoja i proučavanja, zaštite i očuvanja otočne kulturne baštine, Državnog programa zaštite prirode i okoliša otoka, Državnog programa socijalne skrbi na otocima i Državnog programa uređenja posjedovne i vlasničkopravne evidencije (katastra i zemljišnih knjiga) na otocima.