Prostor crkve zadivljuje svojom veličinom i impozantnim mjerama: duljina iznosi 43 metra, visina 15 metara, širina transepta 27 metara, dok je visina zvonika 45 metara.

Radi se o dijelu transepta katedrale prema trgu, gdje se pojavljuju konveksne niše, puti s girlandama, jedan reljef sv. Jeronima u medaljonu i sl., dakle čitav jedan repertoar izrazito renesansnih ukrasa, i to firentinskog podrijetla, koji se dosad tumačio na najrazličitije moguće načine.

Redovito su bili smješteni ili na stranama pročelja ili na krajnjim točkama transepta, a kasnije su dodavani i oni na sjecištu transepta i lađe.

Na sjevernom i južnom zabatu transepta su po tri kamene skulpture.

Osnova je u obliku križa s kratkim krilima transepta i poliogonalnim svetištem.

Ostala dva velika prozora na krilima su transepta.

Ja sam poput Afrikanaca koji žele crnu Blaženu Djevicu, ili Tibetanaca kojima mali Isus mora imati kose oči, pa Boga mahom zamišljam kao ud što se uspravno koči na postolju mošnji, spomenik muškosti, počelo stvaranja, Sveto Trojstvo, kumira sa surlom koja visi točno u središtu ljudskog tijela, na pola puta između glave i stopala, kao što je Svetinja nad svetinjama u hramu na pola puta između transepta i apside, neobičan spoj svilenkaste blagosti i mišićave oštrine, slijepe, biljne, snovite sile i promišljene i proračunane lovačke volje, paradoksalni izvor koji naizmjence ispušta amonijakalnu mokraću kao ekstrakt svih tjelesnih nečistoća i sjemenu tekućinu, ratni stroj, bacač kamena, katapult, ali i trolist, simbol strastvena života...

Katedrala u Salamanci je romanička građevina iz 12. st. s kupolom iznad križanja glavnog broda i transepta, koja je ukrašena prozorima uokvirenim dvostrukom arkadom, poput Aja Sofije.

- U radionici Krševan izradit će se i glineni model skulptura Navještenja - arhanđela Gabriela i Blažene Djevice Marije, koje su skinute s južnog transepta katedrale jer su bile oštećene atmosferilijama - rekao je konzervator Miroslav Škugor.

Njihovi kapiteli nose snažnu trabeaciju nad kojom se uzdiže volumen transepta s lučno zaključenim širokim prozorom koji po baroknom običaju obilno osvjetljuje unutrašnjost odozgora.

Vertikalno usmjerenje je prisutno i u svodu, gdje se strmo postavljena rebra sastaju u jednoj točki, a visine transepta izjednačene s visinom glavnog broda.

Na kraju sjevernog transepta nalazi se kapela sv. Nikole od Barija, koju je naručio kardinal Napoleone Orsini za grobnicu svome bratu, papi Nikoli III.

Prije njega na desnom dijelu transepta su dvojica nepoznatih majstora (iz Engleske ili Rima) koji naslikali anđela, apostole, Izaiju i Davida (1267. - 1270.).

Na zapadnom kraju transepta nalaze se freske atribuirane Cimabueu i njegovoj radionici (najranije iz oko 1280.).

Ispod svetišta i transepta je kripta.

Pred klupom stoji bema, isturena u sjecište krakova transepta, tj. dio svetišta zatvoren oltarnom pregradom, koji u svom središtu čuva oltarni grob u obliku križa.

Firentinac zatječe katedralu dovršenu do visine obodnih zidova svetišta i zidova bočnih brodova, ali međusobno neusklađenih i nepovezanih, te sa brojnim nepravilnostima u tlocrtnoj dispoziciji čitavog korskog djela (istanjeni te izlomljeni zidovi svetišta i transepta u interijeru).

Produljeni kor crkve započeo je opat John iz Yorka (1203. - 11.), a nastavio je njegov nasljednik John iz Kenta (1220. - 47.) u duhu istočnog transepta pred - gotičke Durhamske katedrale.

Opat Hubby (1494. - 1526.) je netom prije ukidanja opatije dao izgraditi toranj na sjevernom dijelu sjevernog transepta.

Usporedba skulptura sa zapadnog portala s onima s južnog transepta otkriva razlike između rane i kasne Gotike.

Sveci koji tvore lijevi dovratnik portala južnog transepta stoje manje ukočeni, a njihove noge počivaju prirodno na oblikovanim bazama.

Drvena krovna konstrukcija transepta i glavnog broda uništena je u požaru 1836. godine, nakon čega je zamijenjena sadašnjim metalnim okvirom i pokrivena bakrom.

Na križištu glavnog broda i transepta je vitka kupola na tamburu, sa osam prozora i lanternom na vrhu.

Ona je trobrodna, dvo-oltarna bazilika s dva transepta i kvadratičnim tornjevima na oba sjecišta brodova.

Tlocrt građevine prati geometrijski plan u kojemu kvadrat sjecišta transepta s glavnim brodom predstavlja mjernu jedinicu za cijelu crkvu.

Po riječima Miroslava Škugora, višeg konzervatora u Konzervatorskom odjelu Ministarstva kulture u Šibeniku, pukotine u pojedinim dijelovima katedrale, posebno na zidu južnog transepta, mogu se već vidjeti golim okom, a neke su udvostručene u posljednje dvije godine.

Leonardo da Vinci, koji je u Milanu boravio od oko 1482. do francuske okupacije 1499., angažiran je 1487. radi projektiranja tiburija, ili tornja na križanju transepta i glavnog broda u katedrali, premda njegov rad nije odabran. [ 36 ] [ 37 ] Ipak, oduševljenje koje je dijelio s Filareteom za građevine sa središnjim tlocrtom dovelo je u tom periodu do mnogih arhitektonskih crteža koji su utjecali na rad Bramantea i drugih graditelja.

U središtu rozete sjevernog transepta (promjera 12,8 metara) nalazi se slika Djevice Marije s malim Isusom, okruženi s 12 manjih krugova koji sadrže 4 golubice i 8 anđela.

Na sjecištu broda i transepta uzdiže se kraći crkveni toranj.

Plan katedrale je primjer sažimanja koje se očituje u smanjivanju mase volumena, što opet dovodi do veće povezanosti brodova, u proširenju srednjeg broda, u skraćenju transepta i uključivanju apsidiola u prostor deambulatorija.