Merčep je optužen po zapovjednoj odgovornosti za ubojstva 43 osobe, među kojima su i članovi obitelji Zec Državno odvjetništvo zatražilo je od Vlade deklasifikaciju transkripata sa sjednice državnog vrha od 14. listopada 1991. godine, ključne za početak oružane obrane Hrvatske, zbog potrebe vođenja kaznenog postupka protiv Tomislava Merčepa.