Subotić je tijekom karijere vodio Panathinaikos, Olympiakos, Aris, AEK, PAOK, Panionios, slovensku košarkašku reprezentaciju te talijanskog drugoligaša Sicc Jesi, a posljednji trenerski angažman imao je u Splitu čiju je momčad prošle sezone doveo dao finala doigravanja Prvenstva Hrvatske.