U Sektoru za trošarine i posebne poreze obavljaju se poslovi izrade stručnih podloga za donošenje propisa o trošarinama i posebnim porezima, izrade naputaka i mišljenja za provedbu propisa o trošarinama i posebnim porezima, suradnje s drugim tijelima u poslovima iz svoga djelokruga; suradnje s međunarodnim institucijama radi usklađivanja nacionalnoga zakonodavstva s pravnom stečevinom Europske unije i provedbe propisa, praćenja smjernica proračunske porezne politike, provedbe upravnog postupka iz djelokruga Središnjeg ureda u dijelu koji se odnosi na oporezivanje duhanskih proizvoda, vođenja glavnog trezora, rukovanja markicama za označavanje alkohola i alkoholnih pića, duhanskih proizvoda i kave, nadzora nad rukovanjem duhanskim markicama kod ovlaštenog držatelja trošarinskog skladišta uvoznika i uvoznika duhanskih proizvoda, razmjene informacija vezanih uz kretanje trošarinske robe preko Trošarinskog ureda za vezu, sudjelovanja u izradi naputaka i mišljenja u vezi s trošarinskim propisima čija se provedba oslanja na carinske i druge propise, definiranja korisničkih zahtjeva za uvođenje informatičke podrške, nadzora nad pravilnom provedbom propisa, naputaka i mišljenja u vezi trošarina i posebnih poreza, educiranja carinskih službenika i gospodarskih subjekata o primjeni trošarinskih propisa, suradnje s pročelnicima carinarnica u području svoga djelokruga, izrade godišnjeg plana rada i izvješća o radu, te drugi poslovi iz djelokruga Sektora.