Ispitivanje kakvoće voda provodi se na vodotocima čija se voda iskorištava ili planira iskorištavati za javnu vodoopskrbu, na vodama unutar nacionalnih parkova i parkova prirode, zatim u dijelovima vodotoka gdje su značajniji utoci državnih i prekograničnih voda te ispusti tehnoloških i komunalnih otpadnih voda i u dijelovima gdje se vodni resursi iskorištavaju ili planiraju iskorištavati za gospodarske potrebe (hidroelektrane, navodnjavanja, uzgajališta riba i drugo).