U 3 sezoni, Nathanov i Haleyin brak nije u dobrom stanju.Nathanova mržnja i nemogućnost da vjeruje Haley vodi do toga da razmišlja o rastavi braka (ali se sve kasnije popravilo). Haley se useli u bivši stan sa Brooke i postane cheerleaderica.Kako je jedna veza tekla nizbrdo, Haley je obnovila svoju vezu s Lucasom.Kako su opet dobili status najboljih prijatelja, Haley i Lucas započinju zadnju godinu isto kao i prvu, ali tako s obratom pošto Haley zna za Lucasovu bolest, i želi da prestane igrat košarku.Kasnije su se Haley i Nathan ponovo našli te obnovili svoju vezu i opet postali vjenčani par.Kako imaju još mnogo stvari za raspravit, te mnoge prepreke do šponovnog ujedinjenja.Bili su u istoj sobi kao i Jimmy Edwards, i shvatili da trebaju jedno drugo, posebno nakon Keithove smrti.Stoga su Haley i Nathan odlučili obnoviti svoje zavjete pred svojim voljenima.Vjenčanje je u zadnjoj epizodi 3 sezone, te nesreća zauzima veliko mjesto gdje je Haley možda trudna a Nathanova sudbina nepoznata.Epizoda završava gdje Haley doziva u pomoć