Odjel za financijske kontrole provjerava dokumentaciju za otvaranje bankovnih računa te za uspostavu i provođenje ugovora s bankom; osigurava pravilno provođenje procesa usklađivanja bankovnih računa; kontrolira postupke upravljanja deponiranim sredstvima i kamatama; provjerava zahtjeve za sredstvima Europske unije i sredstvima s osnove sufinanciranja iz državnog proračuna i drugih domaćih izvora; provjerava zahtjev za realokacijom sredstava u skladu s odredbama financijskog sporazuma; provjerava zahtjeve provedbenih agencija za sredstvima; provjerava rad provedbenih agencija; provjerava ispunjavaju li provedbene agencije svoju obvezu izvještavanja; upravlja sustavom izvještavanja Europske komisije (tzv. PERSEUS).