Na neprimjereno ponašanje prema Crkvi u Istri upozorio je Milanović, u ime Zbora svećenika u pismu Oblasnom NO-u u Labinu od 25. veljače 1946. Upozorio je da se na raznim mjesnim sastancima sve otvorenije i bezobzirnije govori protiv vjere, Crkve i vjerskih obreda, te se svećenicima prijeti da će biti likvidirani čin se riješi pitanje granice s Italijom.