U razvoju sustava odvodnje otpadnih voda Hrvatske vode računaju na pomoć EU-ovih strukturnih fondova s obzirom na to da je riječ o ulaganjima 1,9 milijardi eura u 90 aglomeracija, koje bi trebale biti dovršene do 2016. Ukupna vrijednost projekata u sektoru vodnoga gospodarstva iznosi 4,32 milijarde eura, a jedina pojedinačna investicija je gradnja višenamjenskoga kanala Dunav-Sava.