Gimnazija je prestala djelovati nakon Mohačke bitke 1526. godine, ali rad je obnovio generalni prior pavlina Stjepan Trnavljanin 1582. Nakon otvaranja isusovačkih gimnazija u Varaždinu i Zagrebu, zatvorio ju je generalni prior Martin Borković 1637. Borkovićev nasljednik na mjestu generalnog priora, Pavao Ivanović, preselio je u Lepoglavu filozofsku školu koja je počela s radom 1656., a od 1677. imala je dva odjela: za hrvatske i za mađarske studente.