Odjel za praćenje i vrednovanje provedbe programa Europske unije obavlja administrativne i stručne poslove vezane za koordinaciju i suradnju s tijelima državne uprave, te jedinicama lokalne i područne (regionalne) samouprave, razvoj metodologije za praćenje provede instrumenata pretpristupne pomoći i programa IPA, obavlja funkciju tehničkog tajništva za provedbu sektorskih nadzornih pododbora u sklopu praćenja projekata iz komponente I. programa IPA, sektorskog odbora za komponentu I. programa IPA te Nadzornog odbora za program IPA u cijelosti, sudjeluje u uspostavi upravljačkog Informacijskog sustava za europske strukturne instrumente (u daljnjem tekstu: Integrirani sustav za upravljanje MIS); pruža podršku u razvoju metodologije i koordinaciji praćenja aktivnosti vezanih za nadzora provedbe programa koji će se financirati putem strukturnih instrumenata; obavlja administrativne i stručne poslove vezano za razvoj metodologije za vrednovanje programa EU, priprema godišnje planove vrednovanja, koordinira pripremu strategije vrednovanja za europske strukturne instrumente, priprema natječajnu dokumentaciju za ugovaranje usluga vrednovanja i obavlja poslove kontrole kvalitete izvješća o vanjskom vrednovanju za programe/projekte u nadležnosti Nacionalnog IPA koordinatora, pruža potporu institucijama korisnicama programa i projekata EU i stručnjacima za vanjsko vrednovanje u procesu obavljanja vanjskog vrednovanja programa EU te prati ispunjavanje preporuka iz izvješća o vanjskom vrednovanju programa EU; surađuje s institucijama Europske komisije u procesu vanjskog vrednovanja programa EU koje inicira i provodi Europska komisija, provodi programsko vrednovanje, odnosno periodično (interim) vrednovanje u okviru I. komponente programa IPA; osim periodičnih vrednovanja sudjeluje u koordinaciji i suradnji s tijelima državne i lokalne uprave tijekom provođenja vrednovanja u tijeku, srednjoročnih vrednovanja, vrednovanja učinka, tematskih vrednovanja u okviru I. komponente IPA programa i IPA višekorisničkog programa, vrednovanja provedbe, meta vrednovanja, te obavlja i druge poslove iz svoje nadležnosti.