Najčešće se preporučuje kombinacija dva analoga nukleozida, ev. uz dodatak jednog inhibitora proteaze.

Povišenje masnoće u krvi povezuje se najčešće s uzimanjem inhibitora proteaze no povezuje se i s uzimanjem nenukleozidnih inhibitora reverzne transkriptaze.

Ove nuspojave uglavnom se povezuju s primjenom inhibitora proteaze, a značajne su budući da mogu uzrokovati generaliziranu aterosklerozu, odnosno bolesti srca i krvnih žila.

Bolesti srca Razina masnoća u krvi često se povisi nakon započinjanja sa antiretrovirusnom terapijom, pogotovo kod uzimanja inhibitora proteaze.

Nakupljanje masti (lipohipertrofiju) najčešće uzrokuju lijekovi iz grupe inhibitora proteaze, dok se smanjenje masti (lipoatrofija) najčešće povezuje s primjenom nukleozidnih analoga (prvenstveno stavudina, te manje kod primjene AZT-a, tenofovira i didanozina).

Najmanje smrt jedne osobe s HIV-om bila je pripisana miješanju inhibitora proteaze s rekreacijskom drogom ecstasy.

Soja je najbogatiji izvor tzv. inhibitora proteaze, fitosterola i saponina koji mogu pojačati imunitet i prekinuti razmnožavanje kancerogenih stanica.

Nakupljanje masnih naslaga oko predjela trbuha i grudi i/ili u predjelu ramena najčešće se javlja prilikom upotrebe inhibitora proteaze i nenukleozidnih inhibitora reverzne transkriptaze.

U većini slučajeva, kao HIV PEP preporuča se primjena dva ARL (temeljni režim), a u rijetkim slučajevima treba primijeniti režim s tri ARL (prošireni režim), najčešće uz dodatak jednog inhibitora proteaze.

Isto tako, treba znati da je pojava lipodistrofije češća kod osoba koje započnu sa terapijom kada je broj CD4 stanica niži od 200. Nije dokazano da promjena terapije dovodi do poboljšanja, ali je očito da prestankom uzimanja inhibitora proteaze dolazi do pozitivnih promjena u metabolizmi masti i šećera.

Dvaput po 500 mg dnevno pomaže kod nekih osoba koji uzimaju antiretrovirusne lijekove iz skupine inhibitora proteaze.

Inhibitori proteaze Vitamin C malo snižava razine inhibitora proteaze, lijekova koji se koriste u liječenju HIV i AIDS-a (npr. amprenavir, nelfinavir i ritonavir).

Kronična konzumacija alkohola može ometati djelovanje antiretroviralnih lijekova, pogotovo inhibitora proteaze i nenukleozidnih inhibitora reverzne transkriptaze, uzrokujući opadanje razine antiretroviralnih lijekova u krvi i time umanjujući njihovu efektivnost.

Danas se daje u nižim dozama (2 100 mg) koje potpomažu djelovanje drugih inhibitora proteaze.